A feltörekvő banda híre eljutott az EMI kiadóhoz, amely hamarosan szerződést ajánlott a fiúknak. Slovak és Irons ekkor kilépett a csapatból, hogy korábbi együttesükkel, a What's Thisszel folytassák. Helyettük Jack Sherman és Cliff Martinez érkezett a zenekarba.

1984-ben megjelent a The Red Hot Chili Peppers címre keresztelt debütáló album, s a siker eredményeként Slovak visszatért a csapatba. Az egy évvel később megjelenő Freaky Styley pedig már teljességgel azt a hangzást képviseli, amely az azóta is alkotó RHCP védjegye. Hamarosan Irons is visszatért a csapatba, s a Chili elindult első turnéjára, amellyel megkezdődött a zenekar rocklegendává válása.

1987-ben jelent meg az Uplift Mofo Party Plan, amelynek eladási mutatói minden eddigit felülmúltak, a Chili pedig végérvényesen beírta magát a szupersztárok közé. Koncertjeiken olyan bandák voltak az előzenekarok, mint a Beastie Boys és a Faith No More.

1998-ban a srácok újabb album kiadását tervezték, előtte azonban csinálniuk kellett valamit Slovakkal, akinek drogfüggősége az egész zenekar munkáját veszélybe sodorta. Egyik fellépésük után elhatározták, hogy megválnak a fiútól. Mindezt azonban Angelo Moore, aki előzenekarunkak a Fishbone-nak a tagja volt megakadályozta, s meggyőzte a srácokat arról, hogy Slovaknak abban az állapotban még inkább szüksége van barátaira és a zenekarra, úgyhogy végül nem tanácsolták el.

Bár mindent megtettek, hogy segítsenek a fiatalembernek Slovak hamarosan meghalt kábítószer-túladagolásban. Halála mélyen megrázta a Chilit. Mindannyian eltűntek a világ szeme elől, magányukba húzódva próbálták meg feldolgozni barátjuk halálát. Jack Irons a Red Hot Chili Pepperst okolta Slovak haláláért, úgyhogy elhatározta, hogy soha többet nem fog részt venni a csapat munkájában. Úgy tűnt, hogy a zenekar pályafutásának vége.

Idővel Flea és Anthony úgy döntött, hogy barátjuk emlékére újból összeállnak. Slovak helyére egyik legnagyobb rajongójukat, John Frusciante-t kérték fel, akinek gitárjátéka nagyban hasonlított a tragikus sorsú fiatalemberéhez. Az új dobos megtalálása azonban nehezebb feladatnak bizonyult. Hirdetéseket tettek közzé, amelyeknek köszönhetően dobosok hada akarta próbára tenni tudását és szerencséjét. A reménytelennek tűnő nap utolsó meghallgatottjaként lépett fel Chad Smith, és meglett a hiányzó láncszem. Ismét négytagú volt a zenekar, amely 1989 márciusában újra turnézni indult.

Szintén ebben az esztendőben jelent meg a következő album, amely a Mother's Milk címet kapta. A Knock Me Down című számot Slovak emlékére írták. Az albumot követő turnén már szigorú drogellenes szabályokat léptettek életbe. Az amszterdami show után végérvényesen a média középpontjába, a Micsoda nő című film Show Me Your Soul című betétdalával pedig az angliai lista 30. helyére kerültek.

Ezután jelent meg a platinalemezzé vált Blood Sugar Sex Magik című album, amely kitörő sikert aratott, és egy évig rajta volt az amerikai Billboard listán. A banda tagjai minden nagyobb magazin címoldalán megjelentek, Give It Away című daluk klipje pedig elnyerte a legjobb áttörés kategóriában az 1992-es MTV Awards díját. Az Under The Bridge minden nagyobb zenei lista élére került világszerte.

A következő turnékon olyan bandák voltak az előzenekarok, mint a Nirvana, a Pearl Jam vagy a Smashing Pumpkins. Az ázsiai koncersorozat alatt azonban beütött a baj. John elhatározta, hogy otthagyja a bandát. Újabb hirdetések következtek, újabb próbálkozások egy új gitáros megtalálására. A több ezer jelentkező közül Jesse Tobias bizonyult a legjobbnak, de ő sem volt az igazi, úgyhogy rövid idő után tőle is megváltak.

Ismét nehéz időszak következett. Fleat krónikus fáradtság tüneteivel kezelték, s ugyanebben az időszakban volt szemtanúja barátja, River Phoenix halálának.

Immáron sokadszorra Dave Navarrót kérte fel a Chili, hogy csatlakozzon hozzájuk. Aki eddig többször is visszautasította őket végre igen mondott. Dave olyan egyedi stílussal rendelkezik, amelyre a Red Hot Chili Peppersnek nagyon szüksége volt.

Rövid feltöltődés után nekiláttak hetedik stúdióalbumuk munkálatainak. A One Hot Minute 1995-ben jelent meg, s ismét a reflektorfénybe állította a bandát.

Fleat a Bass Player Magazine 1996-ban az év gitárosa címmel tüntette ki. Az év októberében hozzájárultak egy John Lennon-emlékalbum elkészítéséhez az I Found Out című dal feldolgozásával. Dave és Flea Perry Farrell-lel együtt megírták Howard Stern Intim részek című filmjéhez a főcímdalt, amely a Hard Charger címet viseli. Szintén a Chili komponálta a Beavis and Butthead Do America című mozifilm főcímzenéjét is (Love Rollercoaster).

1997-ben újabb turnéra indultak olyan helyeket érintve, mint Szingapúr, Tajpej, Bangkok, Hawaii. Azonban Anthony motorbalesete miatt az alaszkai és honolului koncertjeiket le kellett mondaniuk. Szintén ebben az évben az MTV az Under The Bridge című számot a mindenkori legjobb videoklipek 500-as listáján az 5. helyre sorolta.

1998. április 3-án Dave kilépett a csapatból, helyére újra John Frusciante került.

Utolsó előtti lemezük a Californication 1999-ben jelent meg. Az első maxi, a Scar Tissue még a hivatalos kiadása előtt bekerült az első 10-be az amerikai listán, maga az album pedig pillanatok alatt platinalemez lett. Az 1999-es Woodstock-fesztiválon a csapat elsöprő sikert aratott, amit természetesen élénk médiaérdeklődés kísért. John végleg visszahozta az igazi Red Hot Chili Peppers-érzést.

A 2002-es By The Way című lemez egy érettebb, komolyabb hangzást hozott